内蒙古科技经费监管服务中心成立于2012年7月，是经内蒙古科技厅同意，由内蒙古科技资产监督管理服务中心变更为内蒙古科技经费监管服务中心。

中心业务范围主要包括：研究分析区内外科技经费监管的有关问题，提供咨询和建议；承办科技计划（重大专项）经费预算评估评审、使用监管相关的专业技术性服务工作；承担国家及自治区创新方法在我区的推广应用工作；承办企业与金融机构在担保、贷款、保险等方面的科技金融结合工作和科技项目绩效评价工作。

中心成立以来陆续承担国家及自治区“内蒙古创新方法推广与示范”、“内蒙古自治区创新方法应用试点与示范服务体系建设”、“依靠科技金融结合与科技保险机制推动中小企业技术创新研究”、“科技项目支出绩效评价体系建设”、“科技金融体系建设”、“科技重大专项预算评审”等课题的组织研究工作，同时承接自治区科技厅和财政厅等有关部门的科技经费监管和科技金融服务等工作。